La gastro-entérite est une infection d’origine bactérienne, virale, ou parasitaire, caractérisée par un syndrome inflammatoire de la muqueuse de l’intestin. Elle peut entrainer chez les personnes infectées des nausées, vomissements, crampes abdominales, diarrhées, une déshydratation avancée, voire une fièvre et des céphalées. Les gastro-entérites motivant une consultation médicale sont estimées à 35-40% d’origine virale (représenté à 60% par les rotavirus, calicivirus, astrovirus et adénovirus).

D’un point de vue épidémiologique, la gastro-entérite est considérée comme l’une des maladies les plus communes avec la grippe. Souvent asymptomatique chez l’adulte en raison de l’immunité acquise, elle s’exprime davantage chez l’enfant, en particulier durant les cinq premières années de vie. La plupart des diarrhées aigües étant résolues en quelques jours avec des règles hygiéno-diététiques et un traitement symptomatique, leur étiologie est souvent méconnue.

jeune fille souffrant de crampes abdominales

La diarrhée, un problème sanitaire mondial

En France, 60% des cas de diarrhées aigües restent de cause inconnue

L’OMS définit les maladies diarrhéiques par la présence de deux symptômes : l‘émission d’au moins trois selles par jour, et d’aspect liquides ou molles. La morbidité des maladies diarrhéiques est très élevée dans les pays en voie de développement. Pour cause, on estime le nombre d’épisodes diarrhéiques annuel à environ 1,7 milliard dans le monde. Ce symptôme touche 500 millions d’enfants par an à travers le monde. Parmi eux, 760 000 meurent des suites de ces maladies. Au total, 80% des décès au cours des deux premières années de la vie sont imputables aux déshydratations avancées entrainées par les diarrhées. Même si les pays développés sont moins touchés, le tiers des lits d’hôpitaux en secteur pédiatrique sont réservés aux maladies diarrhéiques.

En France, chaque année, entre 700 000 et 3,7 millions de personnes consultent leur médecin généraliste pour gastro-entérites aigües d’origine virale. On retrouve au sein de l’hexagone deux périodes épidémiques : une forte l’hiver (décembre, janvier), et une faible l’été (juillet, aout). C’est pour cette raison que le système de surveillance épidémiologique « Réseaux Sentinelles », incluant les données de 1300 médecins généralistes répartis sur le territoire métropolitain, a décidé d’inclure l’observation des diarrhées aigües et des gastro-entérites à ses études. En 2013 et 2014, une recrudescence du nombre de gastro-entérites a été observée pendant l’hiver, bien qu’en dessous des seuils épidémiques. Malgré cette tendance à la baisse, le coût moyen attribuable à une épidémie saisonnière de gastro-entérite est de plus de 5 millions d’euros.

Dans les pays à faible revenu, l’âge médian de l’infection primaire à rotavirus est de 6 à 9 mois. Dans les pays à revenu élevé, le premier épisode n’arrive parfois pas avant l’âge de 2 à 5 ans, même si les nourrissons restent les plus touchés.

Si la morbidité est plus élevée chez les enfants en bas âge, le risque de mortalité est éminent chez le nourrisson et le vieillard. Plus fragiles et moins sensibles aux signes annonciateurs d’une déshydratation, les populations d’âge mûr sont particulièrement exposées aux conséquences de la gastro-entérite. L’infection virale peut être particulièrement sévère chez l’enfant de moins de 3 ans, en raison d’une moins grande immunité acquise et des nombreux cas de co-infection bactérienne.

Les principaux facteurs de risque de la gastro-entérite sont :

  1. la malnutrition
  2. les antivitaminoses
  3. les co-infections (rougeole, VIH, SIDA)
  4. les associations avec drépanocytoses ou schistosomes
  5. l’immunodépression
  6. l’accessibilité à l’eau potable
  7. la prévalence d’agents pathogènes dans l’environnement

À savoir ! Transmission indirectes

De nombreuses surfaces de contamination sont impliquées dans les épidémies de gastro-entérite. Parmi celles-ci : robinets, poignées, chasses d’eau, loquets, ou encore poubelles. Aussi, les endroits de forte promiscuité, telles que les crèches, les établissements scolaires, ou le logement familial sont des lieux particulièrement exposés aux contaminations. Les vêtements, bavettes, jouets, et peluches sont des vecteurs très impliqués dans l’entretien de la gastro-entérite chez les jeunes enfants. Leur nettoyage est nécessaire à l’éviction rapide des agents infectieux.

chiffres clés sur la gastro-entérite

L’agent infectieux

La gastro-entérite peut être déclenchée par un virus, une bactérie, un parasite, ou l’association de plusieurs de ces micro-organismes. Il est même courant qu’une infection par un agent pathogène soit un facteur de contamination pour un autre germe opportuniste. La plupart des diarrhées durent moins de trois jours, mais dans le cas échéant deux types de diarrhée peuvent se développer.


Syndrome cholériforme, ou hydrique, ou toxémique

Ce trouble regroupe plus de 90% des épisodes diarrhéiques. Elles sont reconnaissables par l’émission de selles d’aspect hydriques, abondantes, d’installation rapide, sans douleurs abdominales, et avec vomissements probables. La déshydratation peut être rapide et sévère. Ces symptômes résultent de la production de toxines émises par des germes à la surface de la muqueuse intestinale.

Les agents infectieux pouvant entrainer un syndrome cholériforme sont :

  1. Virus : rotavirus, norovirus
  2. Bactéries : Vibrio cholera, Entérotoxémie à Escherichia coli (ETEC), Staphylococcus aureus
  3. Parasites : Cryptosporidium

Parasites : Cryptosporidium

Moins de 10% des épisodes diarrhéiques sont de type dysentérique. La diarrhée produite est glaireuse ou purulente et/ou sanglante, avec des douleurs abdominales possibles, de la fièvre, et un risque accru d’infection. Dans ce cas, l’agent pathogène est entéro-invasif, il y a pénétration du germe dans la paroi intestinale.

Les agents infectieux pouvant entrainer un syndrome dysentérique sont :

  1. Bactérie : Shigella, Salmonella, Campylobacter, Yersinia, ETEC, Clostridium difficile
  2. Parasite (plus rare) : Entamoeba hystolytica

Quand un syndrome dure plus de 14 jours, on parle de diarrhée persistante.



Pourquoi les virus sont particulièrement impliqués dans la gastro-entérite aigüe ?

Les virus sont des micro-organismes simples et dotés d’une très grande stabilité dans l’environnement (présents dans la terre, l’eau et l’air). On les retrouve notamment en grande quantité dans les eaux usées. Dans cette pathologie, où la transmission se fait par voie digestive directe et indirecte (eau, objets souillés), ce caractère est déterminant. L’infectivité de ce micro-organisme est tellement élevée que seules 10 à 100 particules suffisent à infecter un homme.


Diagnostic

Le diagnostic passe avant tout par un interrogatoire du patient. Le professionnel de santé cherchera d’abord à identifier l’étiologie de la diarrhée par la recherche d’un voyage récent, d’un facteur de risque de type immunitaire, ou d’une prise concomitante de médicaments.

D’un point de vue clinique, la priorité passe par l’évaluation de la déshydratation du patient, et la recherche d’un état septicémique, d’un choc septique, d’une hémorragie ou d’une perforation intestinale. Seront ensuite identifiés une éventuelle fièvre, des selles anormales ou des vomissures (présence de sang), des douleurs abdominales ou une inflammation généralisée.

À l’exception des aminosides, tous les antibiotiques entraînent une perturbation de la flore intestinale. Ils provoquent un risque de diarrhée accru, pendant ou après le traitement (jusqu’à 2 mois après son interruption). Le plus souvent bénigne, ce type de diarrhée peut être prévenue par la prise de médicaments probiotiques capables de renforcer la flore intestinale et limiter la malabsorption des nutriments du bol alimentaire. Dans de rares cas, cette perturbation peut engendrer la prolifération d’agents pathogènes résistants aux antibiotiques, mais de façon autolimitée.

Comment s’exprime la déshydratation ?

Trois stades définissent une fuite excessive d’eau de l’organisme, que ce soit par les selles, les vomissures, la transpiration, la respiration, ou les urines. Le premier stade est le début de déshydratation où les symptômes sont imperceptibles. Ensuite vient la déshydratation dite modérée. Les signes annonciateurs de cet état sont la soif, un comportement agité, la perte d’élasticité cutanée et l’enfoncement du globe oculaire. Si le phénomène persiste, une déshydratation sévère peut survenir avec une aggravation des symptômes et alors entraîner un état de choc, un affaissement de la conscience, des urines raréfiées, les extrémités des membres froids, un pouls inconstant, une tension artérielle faible voire indétectable, et une pâleur de la peau.

En pratique, le diagnostic biologique intervient souvent en cas de diarrhée aigüe confirmée, accompagnée de signes cliniques évocatoires, et quand le traitement symptomatique n’est pas suffisant. Leur principale utilité est l’aide à la décision d’un retour en communauté d’un patient touché par une infection contagieuse.

Le diagnostic est principalement basé sur l’identification de l’agent pathogène afin d’orienter la stratégie thérapeutique. Sont donc prescrits une coproculture (culture de bactéries comme Salmonella, Shigella, Campylobacter, ou Yersinia), un test de cytotoxicité ou de culture toxigénique des selles (recherche de toxines de Clostridium difficile), voire une détection d’antigènes viraux dans les selles. En cas de sepsis sévère et de déshydratation, une détection du gène viral peut être effectuée par un examen sanguin grâce à une réaction en chaine par polymérase (PCR-RTPCR). Moins utilisée, la microscopie électronique peut également permettre la détection et l’identification d’un virus (rotavirus, astrovirus, adenovirus, astrovirus). Les tests parasitologiques sont effectués en général après un voyage en zone endémique (Entamoeba hystolytica, Giardia intestinalis) sur des patients à risque (immunodépression).

Une coproculture doit normalement être effectuée devant :

  1. toute diarrhée glairo-sanglante (syndrome dysentérique) quel que soit le contexte de survenue,
  2. toute diarrhée banale dans une collectivité d’enfants touchés,
  3. tout sujet symptomatique ayant eu un contact avec une personne chez qui le diagnostic bactériologique de Shigella sonnei a été confirmé.

La morbidité associée à une maladie correspond au nombre de personnes atteintes par cette maladie pendant un temps donné – en général une année. L’incidence (nombre de nouveaux cas apparu pendant la période considérée) et la prévalence (la somme de tous les cas en un instant donné) sont deux façons d’exprimer la morbidité d’une maladie (définition Inserm).



Traitement

Le traitement est principalement curatif. Plusieurs médications sont alors prescriptibles :

  1. La correction de la déshydratation est primordiale, surtout aux âges extrêmes. Elle se matérialise par la prise d’eau par voie orale ou intraveineuse si la perte de poids est supérieure à 10% du poids corporel. L’alimentation normale ne doit pas être interrompue pendant plus de 5 heures après le début de la réhydratation, et l’allaitement chez le nourrisson doit être poursuivi.
  2. Un anti-sécrétoire intestinal de type racécadotril peut éventuellement être prescris.
  3. Les antispasmodiques et antinauséeux sont importants pour le confort du patient.
  4. En supplément, la vitamine A et le zinc peuvent aider à réduire la gravité et la durée des diarrhées.
  5. Les probiotiques tels que Saccharomyces boulardii renforcent la flore intestinale. Ils sont particulièrement efficaces pour les infections à Clostridium difficile.
Utilisés dans le passé, les ralentisseurs de transit de type lopéramide sont maintenant déconseillés ; ceux-ci ont tendance à maintenir le germe dans la lumière intestinale et prolonger l’infection.
Les antibiotiques ne sont pas nécessaires dans la majorité des cas. Le traitement de l’agent infectieux est surtout indiqué en cas de diarrhée fébrile avec syndrome dysentérique ou dans le cas d’un terrain fragile.
Ils peuvent aussi être utilisés chez le nourrisson de moins de 6 mois avec de la fièvre et du sang dans les selles, chez le drépanocytaire, ou chez les patients atteints du SIDA, de la shigellose, ou encore d’un Campylobacter. Face à la pluralité des traitements et des schémas thérapeutiques nécessaire à l’éviction des agents pathogènes, notons que les antibiotiques les plus couramment utilisés sont les fluoroquinolones (cirprofloxacine) et les céphalosporines de 3ème génération (ceftriaxone).

Turista ou diarrhée du voyageur

Très fréquente chez le globe-trotter, ce type de diarrhée est rarement grave. Ce type d’atteinte débute seulement 3 à 4 jours après l’arrivée du voyageur à sa destination, et se résout le plus souvent spontanément dans la même semaine. Celle-ci est souvent due à un manque de précautions vis-à-vis des conditions sanitaire du pays visité, que ce soit par l’utilisation d’eau non-potable ou la consommation d’aliments souillés.
Un traitement préventif peut être proposé chez le voyageur ne pouvant pas prendre le risque d’une indisposition, ayant un déficit immunologique, une pathologie sous-jacente, ou une barrière de l’acidité gastrique déficiente. Pour les séjours courts (inférieurs à une vingtaine de jours), une fluoroquinolone peut être proposée en prévention. Cependant, il est à noter que ce type d’antibiotique peut entraîner une photosensibilisation et des troubles digestifs pouvant compromettre la qualité du séjour. Chez le sujet sensible (tares viscérales ou grand âge), il est donc proposé de prendre l’antibiotique dès les premiers symptômes.

conseils pour éviter d'attraper la Turista

Conseils à donner aux voyageurs

Éviter l’ingestion d’aliments potentiellement à risque (c’est-à-dire tout ce qui est cru ou cuit mais consommé froid), de boissons à risque (eau locale en bouteille non capsulée), et de glaçons (préparés à partir d’eau du robinet).

Se laver les mains est un geste qui reste primordial vu l’importance de la transmission manuportée. L’utilisation d’un savon ou d’un soluté/gel hydroalcoolique est particulièrement recommandée dans les zones aux conditions d’hygiène précaires.


Prévention

La prévention repose avant tout sur l’hygiène, surtout en période d’épidémie.

Éducation sanitaire (programme annuel de l’OMS, guides de conduite dans les collectivités d’enfants).

Hygiène individuelle et collective (traitement des eaux usées, non-contamination des eaux propres, installations sanitaires).

Vaccins vivant atténué :

  1. Humain monovalent en 2 doses (Rotarix®)
  2. Réassorti bovin-humain pentavalent en doses (Rotateq®)
    A noter : le nombre de cas d’invagination intestinale aigüe a récemment conduit l’Agence National de la Santé et du Médicament (ANSM) à s’interroger sur le bien-fondé de la généralisation de ce type de vaccination. Le Haut Conseil de la santé publique (HCSP) a prévu de réexaminer ses recommandations relatives à la vaccination des nourrissons contre les infections à rotavirus.

L’allaitement maternel les 6 premiers mois favorise le développement de la flore intestinale et de l’immunité acquise.

– Epidemiology of Viral Gastroenteritis in France and in Europe, Antoine FLAHAULT, Thomas HANSLIK, 2013
Maladies diarrhéiques, Aide-mémoire n°330, OMS, 2013
Gastro-entérites aigües virales, InVS, Publié le 29/12/2004, mis à jour le 15/04/2015
Bilans annuels Réseaux sentinelles, 2013 et 2014
Review of rotavirus morbidity and mortality data by age and WHO region (Report to WHO/IVB), Sanderson C et al. Global, 2011 (www.who.int/entity/immunization/sage/meetings/2012/ april/presentations_background_docs/en/ – 45k)
Mise au point sur le traitement antibiotique des gastro-entérites à Shigella sonnei, Afssaps, juin 2004
Recommandations sanitaires pour les voyageurs, InVS, 2011
Guide de conduites à tenir en cas de maladies transmissibles dans une collectivité d’enfants, Conseil supérieur d’hygiène publique de France, 2003
Vaccination des nourrissons contre les infections à Rotavirus – Recommandations, Haut Conseil de la Santé Publique, 29/11/2013