À la recherche de l’ancêtre du SARS-CoV-2

Le débat autour de l’origine du virus SARS-CoV-2, responsable de l’épidémie de Covid-19, reste animé deux ans après sa découverte en Chine. A force de multiplier les recherches sur les coronavirus à travers le monde et chez toutes les espèces animales, les chercheurs découvrent des nouveaux coronavirus dans différents pays et chez différentes espèces. Parmi ces récentes découvertes, celle de l’Institut Pasteur concerne un coronavirus identifié chez une chauve-souris au Cambodge.

Coronavirus, de la chauve-souris à l’homme

L’origine animale du SARS-CoV-2, responsable chez l’homme d’une épidémie sans précédent, suscite la curiosité des scientifiques, qui se sont intéressés tour à tour à plusieurs espèces animales, dont le pangolin et la chauve-souris. Actuellement, si l’origine du virus n’a pas encore été complètement élucidée, les scientifiques s’accordent à pointer du doigt les chauves-souris comme principal réservoir animal potentiel.

Afin d’en savoir plus sur les coronavirus retrouvés chez les chauves-souris, différentes études sont menées dans le monde, parmi lesquelles une étude de l’Institut Pasteur. Et les chercheurs se penchent également sur les échantillons collectés lors d’anciennes campagnes de recherche. Ainsi, des chercheurs de l’Institut Pasteur du Cambodge ont ressorti des congélateurs des échantillons stockés à -80 °C depuis 2010, échantillons prélevés lors d’une étude sur la biodiversité des chauves-souris.

Origine du virus : des cousins proches du SARS-CoV-2

Les chercheurs ont effectué de nouvelles analyses sur ces échantillons, afin d’y retrouver d’éventuelles traces de coronavirus. Parmi l’ensemble des échantillons analysés, ils ont identifié deux échantillons renfermant un coronavirus proche du SARS-CoV-2. L’analyse génomique de ce coronavirus révèle 92,6 % de similitudes avec le génome du SARS-CoV-2 responsable de la Covid-19 chez l’homme.

Selon les chercheurs, toutes les régions du génome sont très proches entre le coronavirus retrouvé chez les chauves-souris du Cambodge et le SARS-CoV-2, sauf la région codant pour la protéine Spike, qui assure l’entrée du virus dans les cellules humaines. Le coronavirus présent dans les échantillons de chauve-souris prélevés en 2010 au Cambodge et le SARS-CoV-2 pourraient donc être des virus très proches. Cette proximité génomique est la plus forte détectée hors de Chine.

Un scénario qui pourrait se reproduire

Le coronavirus retrouvé dans les échantillons de chauve-souris du Cambodge ne peut pas être à l’origine de la contamination humaine, car sa protéine Spike n’est pas compatible avec l’entrée dans les cellules humaines. Mais ce virus pourrait être un ancêtre ou un proche parent du SARS-CoV-2. Dans tous les cas, la découverte de ce virus semble confirmer l’existence d’un réservoir animal important de coronavirus dans la région d’Asie du Sud-est et pas seulement en Chine.

Les coronavirus présents chez les chauves-souris de cette région doivent faire l’objet d’une attention particulière, car ils peuvent donner lieu à des cas de transmissions humaines, soit isolées, soit marquant le début d’une nouvelle épidémie. D’ailleurs, d’autres équipes de recherche de l’Institut Pasteur, cette fois-ci au Laos, ont identifié en 2020 chez des chauves-souris des coronavirus présentant près de 97 % de similitude génomique avec le SARS-CoV-2. Selon les chercheurs, le SARS-CoV-2, responsable de la pandémie de la Covid-19 serait la résultante de plusieurs recombinaisons de coronavirus de chauve-souris. Une situation qui pourrait sans doute se reproduire à l’avenir !

Estelle B., Docteur en Pharmacie