Transplantation de microbiote fécal : un traitement pour les MICI ?

Les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI) touchent près de 300 000 personnes en France. Rectocolite hémorragique ou maladie de Crohn, ces pathologies évoluent par poussées douloureuses et résistent parfois aux traitements conventionnels. Face à ces échecs thérapeutiques, la transplantation de microbiote fécal (TMF) suscite un intérêt croissant dans la communauté scientifique. De quoi s’agit-il exactement ? Pourquoi le microbiote intestinal est-il devenu une cible thérapeutique dans les MICI ? Et que disent vraiment les études sur son efficacité ? Découvrez les résultats des dernières recherches scientifiques.

Pourquoi le microbiote est-il une cible thérapeutique dans les MICI ?

Le microbiote intestinal désigne l’ensemble des micro-organismes qui peuplent notre tube digestif : bactéries, virus, champignons et levures. Cet écosystème joue un rôle fondamental dans la digestion, la régulation des défenses immunitaires et la protection de la paroi intestinale.

Chez les personnes atteintes de MICI, cet équilibre est profondément perturbé. On parle de dysbiose : le microbiote est appauvri, moins varié, et sa composition est modifiée. Cette perturbation ne se contente pas d’accompagner la maladie. Elle joue un rôle actif dans l’entretien de l’inflammation chronique qui caractérise les MICI.

Les MICI résultent d’une interaction complexe entre terrain génétique, facteurs environnementaux et dérèglement du système immunitaire. La dysbiose s’inscrit dans ce mécanisme : un microbiote déséquilibré entretient une réponse immunitaire inadaptée, qui abîme à son tour la paroi intestinale. Rééquilibrer cet écosystème microbien est donc devenu une piste thérapeutique logique.

Qu’est-ce que la transplantation de microbiote fécal ?

La transplantation de microbiote fécal consiste à transférer les selles d’un donneur sain dans le tube digestif d’une personne atteinte de MICI. L’objectif est simple : introduire un microbiote équilibré et diversifié là où celui du patient est défaillant, dans l’espoir de réduire l’inflammation et de favoriser la rémission.

En pratique, les selles du donneur sont préparées en laboratoire, puis administrées au patient par différentes voies : coloscopie, lavement rectal, sonde passant par le nez jusqu’à l’estomac ou gélules avalées. Chaque méthode présente des avantages et des inconvénients, ce qui rend aujourd’hui difficile la comparaison des résultats entre les études.

La sélection du donneur est une étape clé. Il fait l’objet d’un bilan de santé rigoureux pour écarter tout risque de transmission d’une maladie infectieuse. Mais au-delà de la sécurité, la composition de son microbiote semble jouer un rôle déterminant dans l’efficacité du traitement. C’est ce que les chercheurs appellent l’effet « super donneur » : certains donneurs obtiennent des résultats bien supérieurs aux autres, quel que soit le protocole utilisé. Ce phénomène, observé dans plusieurs essais, rappelle que tous les microbiotes ne se valent pas lorsqu’il s’agit de soigner.

Quels sont les résultats de la TMF sur la RCH et la maladie de Crohn ?

Dans la rectocolite hémorragique, les résultats sont globalement encourageants. Plusieurs études scientifiques montrent que les patients traités par TMF entrent plus souvent en rémission que ceux recevant un traitement placebo. Autrement dit, leurs symptômes s’améliorent et les lésions visibles à la coloscopie diminuent. Les chiffres varient selon les protocoles : certaines études rapportent 27 % de rémission avec la TMF contre 8 % avec le placebo, d’autres atteignent 75 % de rémission contre 25 % lorsque la TMF est précédée d’une cure d’antibiotiques.

L’effet super donneur illustre bien la complexité de ces résultats. Dans l’une de ces études, l’un des donneurs obtenait une rémission chez presque tous les patients traités, quand l’autre n’y parvenait que dans un tiers des cas.

Dans la maladie de Crohn,les études menées jusqu’ici ne montrent pas de bénéfice clair de la TMF. Les raisons de cette différence avec la RCH ne sont pas encore bien comprises.

Dans les deux cas, les chercheurs soulignent que les études publiées sont difficiles à comparer entre elles : les protocoles varient, les critères de sélection des patients et des donneurs diffèrent, et les méthodes d’évaluation ne sont pas uniformes. Des recommandations pour mieux encadrer ces essais cliniques ont été publiées début 2025, afin d’améliorer la qualité des recherches à venir.

La TMF représente une piste sérieuse pour les patients atteints de rectocolite hémorragique, en particulier ceux en échec des traitements habituels. Les résultats sont encourageants, les mécanismes mieux compris, mais les protocoles restent à harmoniser et l’efficacité dans la maladie de Crohn reste à démontrer. La recherche avance, et les prochaines années devraient permettre de préciser la place réelle de la TMF parmi les options thérapeutiques des MICI.