Prédire le risque d’infection néonatale grâce au microbiote vaginal ?
Et s’il était possible d’évaluer le risque d’infection néonatale grâce à l’analyse des bactéries présentes dans un prélèvement vaginal réalisé lors de l’accouchement ? C’est l’hypothèse suggérée par des chercheurs français dont les travaux ont été récemment été publiés dans l’American Journal of Obstetrics and Gynecology.
Infection néonatale : un risque global difficile à estimer
Cause majeure de morbidité et de mortalité, surtout chez bébés prématurés, l’infection bactérienne du nouveau-né est généralement liée à une infection ascendante depuis le tractus génital de la mère.
A l’heure actuelle, le dépistage du streptocoque du groupe B, réalisé à l’approche du terme, permet de réduire la survenue de certaines infections. Seul bémol, il ne tient pas compte de la complexité du microbiote vaginal ce qui rend impossible l’estimation du risque infectieux global. Les antibiotiques sont ainsi utilisés de manière large et probabiliste, ce qui n’est pas sans conséquence sur les résistances bactériennes et le microbiote néonatal.
D’où l’importance d’identifier plus précisément les situations à risque pour limiter l’usage excessif des antibiotiques et adapter la prise en charge de la mère et de son nouveau-né. Forts de ce constat, des chercheurs français ont mis sur pied une étude prospective pour tenter de vérifier si certaines signatures microbiennes sont associées à un risque infectieux chez le nouveau-né.
Un risque d’infection néonatale lié à des déséquilibres globaux du microbiote vaginal
Pour mener à bien cette étude, les chercheurs se sont appuyés sur les données de plus de 2500 femmes prises en charge au sein de trois maternités d’Île-de-France (Port-Royal, Louis-Mourier et Bichat AP-HP). L’objectif affiché ? Identifier les cas de rupture prématurée des membranes entre 22 et 36 semaines d’aménorrhée (+6 jours).
Ils ont ainsi pu observer :
560 cas de rupture prématurée des membranes parmi lesquels 4,5 % d’enfants présentant un sepsis.
Une rupture prématurée avant 32 semaines d’aménorrhée dans 41,9 % des cas.
Des accouchements avant 34 semaines dans 41 % des cas.
Pour les femmes ayant fait une rupture prématurée des membranes, des prélèvements vaginaux ont ensuite été effectués puis analysés. Cette analyse s’est faite au moyen de deux approches complémentaires :
Une approche de bactériologie conventionnelle : qui comprend l’identification bactérienne par culture, des tests moléculaires ciblés ainsi que la caractérisation des profils de résistance aux antibiotiques.
Une approche de métagénomique : qui permet une caractérisation globale et non ciblée des bactéries vaginales.
Après analyse des résultats, les chercheurs ont pu constater que le risque d’infection néonatale précoce est lié à des déséquilibres globaux du microbiote vaginal plutôt qu’à la présence d’un seul agent infectieux.
Les chercheurs ont enfin réalisé un prélèvement microbiologique sur 26 nouveau-nés, ce qui leur a permis d’identifier certains pathogènes présents. Il en ressort que les situations à risque se caractérisent à la fois par une diminution de la dominance des lactobacilles, une augmentation de la diversité bactérienne ainsi que par la présence accrue de bactéries potentiellement pathogènes (comme la bactérie Escherichia coli, fréquemment retrouvée chez la mère et le nouveau-né).
Ainsi, si le déséquilibre du microbiote vaginal ne provoque pas de sepsis du nouveau-né, il semble néanmoins constituer un environnement favorable pour les infections ascendantes, dépendant lui-même de l’abondance relative de bactéries aérobies et de lactobacilles.
Vers une meilleure évaluation du risque infectieux périnatal ?
Pour les auteurs de cette étude, prédire le risque d’infection néonatale implique de tenir compte de l’environnement microbiologique vaginal (sain ou pathogène) ainsi que des agents pathogènes pouvant être directement responsables des sepsis. C’est ce que propose l’approche métagénomique qui permet selon eux une meilleure évaluation du risque infectieux que les méthodes classiques.
Publiés dans l’American Journal of Obstetrics and Gynecology, ces résultats laissent entrevoir la possibilité de développer un test moléculaire rapide et non invasif permettant un diagnostic personnalisé intégrant les données cliniques et les signatures microbiennes. Avec à la clé, une meilleure évaluation du risque infectieux périnatal, une optimisation de la prise en charge maternelle et néonatale ainsi qu’un usage raisonné des antibiotiques !
– Predicting neonatal infection in preterm premature rupture of membranes with vaginal microbiology and metagenomics: a prospective cohort study. American Journal of Obstetrics and Gynecology.. www.ajog.org. Consulté le 12 février 2026.
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