Les tests de dépistage du coronavirus SARS-CoV-2 reposent sur un prélèvement dans le nez ou la gorge. Mais le virus pourrait aussi être présent dans les expectorations et les selles, même plusieurs semaines après la guérison clinique du patient. C’est ce que suggère une récente étude chinoise. Explications.

Le SARS-CoV-2 présent dans les liquides corporels

Les tests de dépistage actuels cherchent à détecter le coronavirus dans les sécrétions nasopharyngées. Pour les patients sortis de l’hôpital, les premières études montrent que les prélèvements nasopharyngés sont le plus souvent négatifs, suggérant que les patients guéris ne peuvent plus contaminer d’autres personnes. Mais d’autres sécrétions de l’organisme pourraient-elles encore contenir des particules virales ?

Les scientifiques s’interrogent sur la nécessité d’effectuer des prélèvements complémentaires sur d’autres sites que le nez pour vérifier l’absence de virus. Dans ce contexte, des chercheurs chinois ont mené une étude sur 133 patients infectés par le SARS-CoV-2. Au total, 545 prélèvements issus de ces patients ont été analysés, parmi lesquels :

209 prélèvements nasopharyngés ;
262 prélèvements d’expectorations;
74 prélèvements de selles.

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Des selles et des crachats infectés plusieurs semaines après la guérison

Sur les 133 patients inclus dans l’étude, 22 présentaient à un moment de l’étude un prélèvement nasopharyngé négatif, mais un prélèvement d’expectorations ou de selles positif. Ces 22 patients répondaient aux critères suivants :

Ne plus avoir de fièvre depuis au moins 3 jours ;
Ne plus avoir de problèmes respiratoires ;
Présenter une radiographie thoracique en voie d’amélioration ;
Avoir deux prélèvements nasopharyngés négatifs à 24 heures d’intervalle.

Les prélèvements de ces 22 patients sont restés positifs, respectivement jusqu’à 39 jours pour les expectorations, et jusqu’à 13 jours pour les selles. Ainsi, l’absence de coronavirus au niveau nasopharyngé ne signifie pas l’absence de virus dans les selles ou les expectorations. Pour autant, les auteurs de l’étude n’ont pas conclu sur le risque de transmission possible du SARS-CoV-2 à d’autres personnes.

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Les selles et les crachats, une source de contamination possible ?

Actuellement, le risque de contamination par le coronavirus par les selles est considéré comme possible, mais il n’est pas clairement quantifié. Des études spécifiques sur ce sujet seront nécessaires pour l’évaluer précisément. Toutefois, par mesure de précaution, l’ANSM a pris plusieurs mesures de restriction concernant plusieurs aspects de la transplantation de microbiote fécal :

Les collectes de selles destinées à ces transplantations ;
Les essais cliniques sur cette thérapeutique ;
La réalisation de ces transplantations.

La présence du coronavirus dans les crachats ou les selles est un aspect important à intégrer dans les études épidémiologiques et dans les stratégies de prévention et de contrôle de l’épidémie actuelle de Covid-19.

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Estelle B., Docteur en Pharmacie

– Microbiote fécal dans le contexte du COVID-19 : restrictions concernant la collecte, la préparation et la transplantation. Point d’Information de l’ANSM. Consulté le 3 avril 2020.