Origine du COVID : quelles sont les dernières conclusions des experts ?

Transmission de l’animal vers l’homme ? Accident de laboratoire ? Après six années d’attente, savons-nous enfin comment est apparu, en Chine, le virus SARS-CoV-2 ? Une vingtaine d’experts viennent de publier, en leur nom propre, un rapport sur le scénario le plus probable expliquant la survenue du virus du COVID à Wuhan fin 2019. Revenons sur les principales conclusions de ce rapport publié dans la revue Nature.

Comprendre pour anticiper les risques de pandémie de demain

Les 23 signataires de ce rapport faisaient partie du groupe SAGO, créé par l’OMS pour faire la lumière sur l’origine du SARS-CoV-2 et guider les futures enquêtes sur les nouveaux agents pathogènes. Après plus de trois ans de travaux, regroupant analyse de littérature scientifique et entretiens, ils livrent ici une synthèse et s’expriment en leur nom propre nom. Néanmoins, ce rapport a été remis en juin 2025 au directeur général de l’OMS.

Les objectifs de ce travail sont multiples : replacer scientifiquement le débat et surtout, partir des faits et des constats pour comprendre les rouages de la survenue de cette pandémie. Une connaissance indispensable pour anticiper et se préparer à d’autres risques.

L’idée, en effet, n’est pas de désigner un coupable et de politiser les informations. Mais, au contraire, de comprendre ce qui s’est passé afin de mieux prévenir les futures épidémies et pandémies.

Fuite de laboratoire, mutations du virus ou marchandises importées : des scénarios peu probables

Le virus a-t-il fuité accidentellement d’un laboratoire de la ville de Wuhan ? Sur l’hypothèse de cet accident de laboratoire, leur position est nuancée.  Même si une brèche de sécurité n’a pas été démontrée à ce jour, les scientifiques pointent du doigt l’absence d’informations sur ce sujet. Ils n’ont pas eu accès aux audits des conditions de sécurité des laboratoires.

Certaines spéculations avançaient que le virus SARS-CoV-2 serait une chimère virale (combinaison de différents sérotypes de virus) ou d’un virus manipulé génétiquement. Ces hypothèses sont jugées peu probables selon les auteurs du rapport. Les analyses du génome montrent qu’il contient des variations compatibles avec des mécanismes naturels déjà observés chez d’autres coronavirus. Aussi, aucune preuve scientifique ne montre que le virus ait été créé par manipulation génétique.

Autre hypothèse : le SARS-CoV-2 a été introduit sur les marchés d’animaux chinois depuis l’étranger via des marchandises importées. Le gouvernement chinois a soutenu cette voie comme étant la source la plus probable du SARS-CoV-2. Mais près de six ans après le début de la pandémie, les experts concluent que les données scientifiques disponibles ne confirment pas cette hypothèse.

L’origine zoonotique, l’hypothèse la plus probable

Les travaux publiés mettent davantage en avant la forte probabilité d’un passage du virus de l’animal à l’être humain.

Pour les experts, les animaux infectés par le SARS-CoV-2 ont transmis le virus aux humains.

Des coronavirus très similaires au SARS-CoV-2 ont été identifiés chez des chauves-souris d’Asie du Sud-Est, avec jusqu’à 96,8 % de similitude génétique. Cela ne signifie pas qu’il s’agit du virus « parent » direct. Cela confirme avant tout l’existence d’un réservoir naturel et la possibilité d’une circulation de virus apparentés dans la faune sauvage avant la pandémie.

Le marché de Huanan, à Wuhan, apparaît également central dans la phase initiale : plus de 60 % des premiers cas recensés en décembre 2019 y étaient liés.

Des prélèvements environnementaux ont retrouvé du matériel viral près d’étals où étaient vendus des animaux vivants sensibles aux coronavirus, comme le chien viverrin ou certaines espèces de rongeurs (rats bambous) et les civettes palmistes. Ces animaux pourraient avoir servi d’hôtes intermédiaires.

Un puzzle encore non reconstitué

Deux zones d’ombre demeurent, car les scientifiques avouent ne pas savoir si la transmission s’est produite directement sur le marché ou ailleurs, dans un moment antérieur.

Cependant, dans l’état actuel des connaissances et sans nouvelles données, il reste impossible de déterminer avec certitude quand, où et comment le SARS-CoV-2 est entré dans la population humaine.

Pour le groupe d’experts : « le poids des preuves disponibles […] va dans le sens d’une transmission zoonotique […] soit directement par des chauves-souris, soit par un hôte intermédiaire ».

De nombreuses questions restent ouvertes : quelle espèce animale précise a transmis le virus ? où s’est produit le premier passage de l’animal à l’humain ?  

Pour mieux comprendre l’origine de l’apparition de ce virus de la COVID 19, l’OMS a proposé un second mandat pour le SAGO (Groupe consultatif scientifique de l’OMS sur les origines des nouveaux agents pathogènes) et a lancé un appel à candidatures.

En avril 2025, l’Académie nationale de médecine précisait « cinq ans après le début de la pandémie de Covid-19, l’origine du virus SARS-CoV-2 reste une énigme ». Et elle poursuit : « face à des risques zoonotiques qui sont majeurs et vont sans doute augmenter, il est nécessaire d’établir des recommandations en matière de surveillance épidémiologique ».

Après la pandémie de COVID 19,  de nouveaux outils de surveillance ont vu le jour en France dont le réseau RELAB, le SUM’EAU, le VAC-SI, et Orchidée.