Covid-19 et tests RT-PCR salivaires : Une utilisation désormais élargie

16 février 2021 par

En ces temps de plus en plus troublés par l’émergence de nouveaux variants du SARS-CoV-2, le recours aux tests salivaires peut présenter un intérêt, en particulier pour les dépistages à grande échelle et devant être répétés régulièrement. La Haute Autorité de Santé vient d’ailleurs de confirmer la bonne sensibilité des tests RT-PCR sur prélèvement salivaire dont elle a étendu les indications et précisé les conditions de réalisation.

Test salivaire RT-PCR

Une bonne sensibilité des tests RT-PCR salivaires

Avec l’émergence de nouveaux variants du SARS-CoV-2, le recours aux tests RT-PCR salivaires peut présenter un intérêt, en particulier pour les dépistages à grande échelle et devant être répétés régulièrement. Jusqu’à présent, ces tests salivaires étaient réservés en seconde intention aux personnes symptomatiques, en cas de prélèvement nasopharyngé difficile ou impossible à réaliser.

Une méta-analyse récemment menée sur les dernières publications scientifiques nationales et internationales a permis de mettre en évidence une bonne sensibilité de ces tests salivaires. Certes, cette sensibilité estimée à 85% est légèrement inférieure (de 3% à 11%) à celle des tests RT-PCR sur prélèvement nasopharyngé mais elle reste néanmoins supérieure aux seuils fixés par la Haute Autorité de Santé (HAS) pour valider les tests.

Le 22 janvier dernier, la HAS a donc émis un avis positif quant à la prise en charge des tests RT-PCR sur prélèvement salivaire dans deux nouvelles indications chez les patients non symptomatiques :

  • En première intention dans le cadre de dépistages ciblés à large échelle en particulier s’ils sont répétés régulièrement : au sein d’écoles, d’universités, pour le personnel des établissements de santé, des EHPAD… « En effet, le caractère non invasif du prélèvement permet une acceptabilité de tests itératifs chez les personnes asymptomatiques lors de dépistages ciblés contrairement aux tests sur prélèvement nasopharyngé (RT-PCR ou tests antigéniques) », selon la HAS.
  • En seconde intention chez les personnes « contact » pour qui un prélèvement nasopharyngé n’est pas envisageable (pour cause de déviation de la cloison nasale, très jeune âge ou troubles psychiatriques…).

Quels avantages des tests salivaires ?

Les tests RT-PCR nasopharyngés constituent la technique de référence pour la détection de l’infection à la Covid-19 vu qu’ils possèdent aujourd’hui les meilleures performances cliniques. Cependant, le prélèvement nasopharyngé reste invasif, et de ce fait, il n’est pas forcément adapté à toutes les situations, surtout quand le test doit être répété plusieurs fois.

Dans ce contexte, les  tests RT-PCR sur prélèvement salivaire présentent plusieurs intérêts pratiques :

  • Faciliter les prélèvements : le prélèvement salivaire est réalisé par crachat ou par pipetage de la salive.
  • Réduire les risques de contamination du personnel soignant.
  • Mieux tolérés et moins désagréables pour les patients.

À savoir ! Le temps de rendu du résultat d’un test RT-PCR salivaire est le même que celui d’un test RT-PCR nasopharyngé.

Cependant, ces avantages s’accompagnent d’une hétérogénéité particulièrement forte dans les conditions de réalisation et d’analyse des échantillons. Cette hétérogénéité ayant un impact sur la performance de ces tests, la HAS a tenu à préciser les modalités à suivre pour leur réalisation.

Test RT-PCR salivaire : comment procéder en pratique ?

Dans un souci d’assurer une performance optimale de ces tests salivaires, depuis les prélèvements jusqu’à leur analyse, la HAS en a ainsi décrit les conditions techniques de réalisation. En pratique, le prélèvement salivaire doit être réalisé :

  • De manière assistée au laboratoire de biologie médicale ou sur un site de dépistage
  • Ou en auto-prélèvement à domicile
  • 30 minutes après la dernière prise de boisson, de nourriture, de cigarette / e-cigarette, ou un brossage des dents ou rinçage bucco-dentaire.

À savoir ! S’il est difficile pour le patient de cracher (comme dans le cas des très jeunes enfants), la salive pourra être prélevée sous la langue à l’aide d’une pipette.

En cas d’auto-prélèvement à domicile, le patient doit impérativement avoir reçu une information claire sur les conditions de sa réalisation et de sa conservation. Le patient devra récupérer le kit de matériel nécessaire dans un laboratoire de biologie médicale. Le Dr Cédric Carbonneil, chef du service d’évaluation des actes professionnels de la HAS, insiste sur le fait qu’« Il faudra que les kits utilisés puissent justifier d’une sensibilité satisfaisante, supérieure à 80 %, que ces kits disposent de deux cibles moléculaires comme pour les nasopharyngés et qu’ils aient un marquage CE ».

À savoir ! Les kits recommandés par le ministère figurent sur la liste disponible

Dans tous les cas, l’échantillon de salive recueillie doit être conservé dans un flacon sec et stérile à température ambiante. Il sera ensuite analysé dans les 24 heures.

À savoir ! Les tests antigéniques par prélèvement nasopharyngé gardent un intérêt important car à ce jour, ce sont les seuls tests permettant un diagnostic rapide et, le cas échéant, un isolement rapide des personnes positives.

La HAS recommande enfin d’explorer la mise en œuvre de tests poolés (analyse en une seule fois de plusieurs échantillons différents). Le but étant de répondre à la forte demande générée par les dépistages répétés ciblés à grande échelle en RT-PCR sur prélèvement salivaire et d’éviter que les laboratoires d’analyses médicales ne soient engorgés.

D’autres techniques sont actuellement à l’étude, en particulier les techniques de tests rapides et automatisables sur prélèvements sanguins. Une modalité de prélèvement « qui pourrait s’avérer simple et utile ».

Déborah L., Docteur en Pharmacie

Sources
– Tests RT-PCR salivaires : la HAS étend leur utilisation et définit les modalités pratiques de réalisation. has-sante.fr. Consulté le 11 février 2021.
Deborah L.
Pharmacienne.
Spécialisée dans les domaines de la santé, de la nutrition et de la cosmétologie.
Passionnée par l'écriture, elle sait allier la rigueur scientifique à la beauté de notre langue.
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