Propagation d’un champignon mortel en milieu hospitalier : La faute aux fruits traités ?

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Rédigé par Deborah L. et publié le 5 avril 2022

En prévision de leur transport sur différents points de vente, les fruits récoltés sont souvent traités par des fongicides. Cette pratique vise à préserver au maximum leur fraîcheur. Cependant, elle risque de favoriser la transmission de champignons pathogènes multirésistants en milieu hospitalier. C’est le constat dressé par une récente étude publiée dans la revue mBio de l’American Society for Microbiology.

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Candida auris : champignons pathogènes résistants

Avez-vous déjà entendu parler de Candida auris ? Il s’agit de champignons pathogènes résistants à de nombreux médicaments fongicides. Particulièrement présent en milieu hospitalier, il a été identifié pour la première fois en 2009 au Japon. Il s’est depuis propagé dans le monde entier. Les scientifiques ont récemment identifié l’environnement marin comme une niche naturelle pour ce champignon. En revanche, les conditions contribuant à son développement et à la propagation de sa résistance aux antifongiques restent inconnues.

Or la connaissance de cette information s’avère d’autant plus cruciale qu’en 2019, les Centers for Disease Control and Prevention (centres américains pour le contrôle et la prévention des maladies) ont identifié Candida auris comme l’un des 5 agents pathogènes qui constituent une menace urgente pour la santé publique dans le monde.

À savoir ! Le champignon Candida auris peut provoquer de graves infections (de la peau, du sang et des oreilles) résistantes aux médicaments chez les patients hospitalisés. Elle présente  un taux de mortalité élevé. Les personnes touchées sont souvent immunodéprimées, avec de lourdes comorbidités (cancers, insuffisance rénale, diabète, SIDA).

Dans ce contexte, les scientifiques ont formulé diverses hypothèses pouvant expliquer l’émergence de la résistance de ce champignon aux médicaments antifongiques. Selon une équipe de scientifiques indiens, la pratique agricole consistant à appliquer un traitement fongicide sur les fruits après leur récolte pour en prolonger la durée de conservation pourrait sélectionner des levures pathogènes multirésistantes et en favoriser la transmission. Ainsi, les fruits stockés serviraient de réservoir de transmission d’isolats de champignons pathogènes résistants aux médicaments antifongiques.

À savoir ! En prévision de leur transport, stockage et acheminement sur différents points de vente, les fruits récoltés font souvent l’objet d’un traitement fongicide. L’objectif est d’empêcher qu’ils ne s’abîment trop vite afin d’en prolonger la durée de conservation. Cette pratique agricole répandue vise à préserver au maximum la fraîcheur des produits.

Utilisation de fongicides : une meilleure conservation des fruits…

Pour vérifier cette hypothèse, les chercheurs ont analysé la surface de 62 pommes récoltées en 2020 et 2021 dans des régions du nord de l’Inde. L’objectif affiché ? Rechercher la présence de Candida auris pathogènes et d’autres levures et étudier leurs profils de sensibilité aux antifongiques.

Les chercheurs ont ainsi observé que sur les 62 pommes étudiées, 8 d’entre elles (5 variétés « Red Delicious » et 3 variétés « Royal Gala ») comportaient des souches de champignons pathogènes résistantes aux fongicides. Ces 8 pommes avaient toutes été stockées avant leur mise en vente. En procédant au séquençage du génome entier, les scientifiques ont pu identifier une grande diversité génétique avec 16 colonies distinctes de champignons. Un grand nombre de fongicides (dont les inhibiteurs de diméthyle (DMI)) a été détecté dans les pommes entreposées, et tous les isolats de Candida auris ont présenté une sensibilité réduite aux DMI.

Autre fait intéressant, aucune des pommes fraîchement cueillies n’hébergeait de souches de Candida auris. L’équipe de scientifiques a par ailleurs trouvé d’autres souches de Candida sur les pommes emballées.

…mais un risque de transmission de Candida auris résistant

Les résultats de cette étude suggèrent que l’écologie de Candida auris est probablement complexe et diversifiée. Aussi, ces champignons pathogènes, dans l’écosystème naturel, peuvent entrer en contact avec des fongicides agricoles. Ainsi, les pommes stockées pourraient constituer une niche importante pour la sélection de sa résistance aux médicaments en milieu hospitalier.

Bien que cette étude se soit concentrée sur les fruits récoltés dans le nord de l’Inde, les auteurs de cette étude précisent que la propagation de Candida auris n’est pas un phénomène spécifique à l’Inde mais bel et bien une menace mondiale pour l’Homme. Tout l’enjeu de la recherche consiste désormais à comprendre comment cet agent pathogène se déplace à travers d’autres systèmes naturels. “Lorsque nous examinons les agents pathogènes humains, nous avons tendance à regarder ce qui nous est immédiat. Mais nous devons le voir plus largement. Tout est connecté, tout le système. Les fruits ne sont qu’un exemple.”, conclut le co-directeur de l’étude.

Prochaine étape pour les chercheurs ? Mener de nouvelles études épidémiologiques sur Candida auris dans d’autres parties du monde pour aider à concevoir de meilleures stratégies de gestion et de contrôle de ce champignon mortel et redoutable pour la santé publique.

Déborah L., Docteur en Pharmacie

Sources
– Candida auris on Apples: Diversity and Clinical Significance. journals.asm.org. Consulté le 4 avril 2022.

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