La coproculture correspond à l’une des étapes de l’examen microbiologique des selles. Elle est prescrite par le médecin principalement pour déterminer la cause des diarrhées d’origine infectieuse et de certaines atteintes digestives. Elle peut aussi être nécessaire dans certains contextes réglementaires.

flacons de prélèvement coproculture

Les indications de la coproculture

L’examen microbiologique des selles, appelé couramment la coproculture, comprend plusieurs étapes :

  • Le prélèvement des selles ;
  • La coproculture en elle-même, qui consiste à incuber les selles dans différents milieux de culture pour mettre en évidence différents agents pathogènes (bactéries, virus ou parasites) ;
  • Des analyses microbiologiques et biochimiques sur les selles ;
  • L’établissement d’un compte-rendu d’analyses.

La coproculture est principalement prescrite pour déterminer les agents responsables des diarrhées d’origine infectieuse et d’autres pathologies digestives. Elle est indiquée dans les contextes cliniques suivants :

  • La détermination de l’origine d’une diarrhée ;
  • La détection des porteurs sains de bactéries entéropathogènes (pathogènes pour l’appareil digestif) dans certains contextes professionnels ;
  • La détection de patients hospitalisés porteurs de bactéries multirésistantes aux antibiotiques même s’ils ne présentent aucun symptôme digestif ;
  • La surveillance des flores intestinales des patients immunodéprimés, tels que les patients en aplasie.

Le prélèvement pour coproculture

L’étape préalable à la réalisation de toute coproculture est le prélèvement de selles. Pour que les analyses ultérieures soient fiables, ce prélèvement doit être effectué dans des conditions précises, en fonction du contexte clinique et du patient.

Chez les adultes sans problème de continence, le prélèvement de selles doit si possible être effectué avant l’instauration de tout traitement antibiotique. De même, il doit être effectué à distance de toute prise de certains médicaments, tels que :

  • Du charbon ;
  • De la baryte ;
  • Des substances laxatives ;
  • Des suppositoires.

Lorsque la coproculture est programmée à l’avance, il est conseillé de limiter la consommation d’aliments riches en fibres dans les jours qui précèdent le prélèvement. De plus, la sensibilité de la coproculture est significativement améliorée, en répétant l’examen trois fois sur une période de 10 jours.

Les selles doivent être recueillies dans un récipient propre, préalablement nettoyé à l’eau savonneuse ou désinfecté et essuyé. Le patient récupère à l’aide d’une spatule l’équivalent d’une noix de selles et les transfère dans un pot stérile adapté, fourni par le laboratoire d’analyses médicales. Les éléments glaireux, sanglants ou d’aspect atypique sont à privilégier. Sur le pot doivent être mentionnés le nom et le prénom du patient, mais aussi la date et l’heure du prélèvement.

Chez les adultes ayant des problèmes de continence, les selles sont recueillies directement dans les protections jetables, avant d’être transférées dans le pot de prélèvement. S’il est impossible de les transférer, la protection jetable doit être fermée hermétiquement pour être acheminée au laboratoire.

Chez les personnes porteuses d’une stomie (déviation chirurgicale de l’appareil digestif), les matières fécales sont recueillies à l’aide d’une spatule dans la poche de stomie et transférées dans le pot de prélèvement. L’existence d’une stomie doit être signalée sur la feuille de renseignements accompagnant le prélèvement.

Chez les nourrissons et les jeunes enfants, les couches jetables doivent être bien fermées et acheminées au laboratoire dans un sac plastique. Un écouvillonnage rectal est également possible.

Dans tous les cas, les prélèvements de selles doivent être acheminés au laboratoire d’analyses dans les 3 à 4 heures qui suivent la défécation. En cas d’impossibilité, il est recommandé de les conserver à 4°C en attendant leur transport, qui doit avoir lieu au maximum dans les 24 heures. Au-delà de ce délai, des milieux de conservation sont nécessaires pour éviter la dessiccation des selles et le développement des bactéries et levures de la flore intestinale.

Pour la recherche de certains agents pathogènes, des conditions particulières de prélèvement, de conservation et de transport peuvent être nécessaires et sont indiquées au patient par le médecin prescripteur ou par le laboratoire d’analyses médicales.

Les analyses effectuées sur les selles

Une fois les prélèvements de selles parvenus au laboratoire d’analyses, différents types d’examens sont pratiqués :

  • Un examen macroscopique des selles, au cours duquel sont notés la consistance des selles (liquides, molles, moulées), leur couleur, mais aussi la présence de glaires, de pus ou de sang.
  • Des examens microscopiques d’orientation :
    • Un état frais, qui consiste à suspendre une partie des selles dans du sérum physiologique et à l’observer au microscope. Il est alors possible d’observer des globules blancs (témoins d’une inflammation digestive), de repérer certaines bactéries mobiles et de rechercher des globules rouges et/ou des levures.
    • Un frottis des selles coloré au GRAM (coloration spécifique des bactéries) pour estimer l’équilibre ou le déséquilibre de la flore intestinale et repérer certaines bactéries à morphologie particulière.
  • La coproculture en elle-même est l’ensemencement (inoculation) des selles sur des milieux spécifiques pour isoler et identifier un agent pathogène responsable de diarrhées. Il est parfois nécessaire d’enrichir les selles en agents pathogènes par des techniques adaptées avant de les mettre en culture sur des milieux sélectifs. Les milieux sélectifs sont déterminés en fonction de l’agent pathogène recherché.
  • Des antibiogrammes sont effectués pour étudier la sensibilité des bactéries mises en évidence aux antibiotiques. Ils permettent d’orienter le médecin vers l’antibiotique le plus efficace pour traiter le patient.

Coproculture standard et complémentaire

Lorsque le médecin prescrit une coproculture standard, les agents pathogènes les plus fréquemment impliqués dans les diarrhées infectieuses sont recherchés de manière systématique, à savoir :

  • Les bactéries des genres Salmonella et Shigella;
  • Les bactéries du genre Campylobacter;
  • La bactérie Yersinia enterocolitica.

Les techniques d’ensemencement, de culture et d’identification des bactéries nécessitent un délai de 4 jours, avant de pouvoir obtenir l’ensemble des résultats.

Si la coproculture standard ne permet pas de déterminer l’agent infectieux en cause, une coproculture complémentaire peut être réalisée. Elle consiste à rechercher des agents pathogènes moins fréquents que ceux recherchés par la coproculture standard :

  • La recherche des bactéries Escherichia coli entéropathogènes (EPEC), uniquement chez les enfants de moins de 2 ans ;
  • La recherche des bactéries Escherichia coli entérohémorragiques (susceptibles d’entraîner des diarrhées hémorragiques) (EHEC), en présence d’un syndrome hémolytique et urémique (affection potentiellement grave touchant généralement les enfants de moins de 3 ans et associant une insuffisance rénale aigüe, une anémie et une thrombopénie (chute des plaquettes sanguines)) et d’une diarrhée apparue 2 à 3 jours après la consommation de viande insuffisamment cuite ;
  • La recherche des bactéries Escherichia coli entérotoxiques (productrices de toxines) (ETEC) et des bactéries Escherichia coli entéroinvasives (envahissant la muqueuse intestinale) (EIEC), rares en France ;
  • La recherche de Vibrio cholerae, l’agent du choléra, uniquement chez les patients de retour d’un voyage dans un pays d’Afrique, d’Asie ou d’Amérique latine ;
  • La recherche de Vibrio non cholerae, d’Aeromonas et de Proteus shigelloides, chez les patients de retour d’un pays tropical ou d’une région côtière au climat tempéré ;
  • La recherche d’agents pathogènes responsables de diarrhées post-antibiotiques :
    • Clostridium difficile, de loin le plus fréquent ;
    • Klebsiella oxytoca;
    • Clostridium perfringens;
    • Staphylococcus aureus;
    • Des levures (Candida).

Par ailleurs, une coproculture complémentaire peut être prescrite d’emblée à la demande du médecin, en fonction d’un contexte clinique particulier.

La recherche de virus est réservée aux diarrhées sévères, ayant justifié une hospitalisation notamment chez les nourrissons. Les virus recherchés sont les suivants :

  • Les rotavirus ;
  • Les norovirus ;
  • Les adénovirus.

Des techniques spécifiques sont mises en œuvre sur les selles pour les mettre en évidence et les identifier.

La recherche des parasites est déterminée par le contexte clinique et épidémiologique. L’examen parasitologique des selles comprend deux étapes :

  • Un examen macroscopique : consistance des selles, présence de mucus ou de sang, présence de parasites adultes, visibles à l’œil nu comme les oxyures (appelés communément les « vers »), les ascaris et les anneaux de ténia (ver solitaire) ;
  • Un examen microscopique direct des selles fraîches et un examen après enrichissement, qui permettent de détecter d’autres parasites, tels que :
    • Giardia duodenalis;
    • Entamoeba histolytica.

Les coprocultures hors contexte d’infection intestinale

Si la coproculture est dans la grande majorité des cas prescrite dans un contexte de diarrhée ou d’infection digestive, les analyses de selles peuvent également être nécessaires dans certains contextes particuliers.

Certaines coprocultures sont obligatoires dans un cadre réglementaire, par exemple pour rechercher un portage de bactérie pathogène chez le personnel de restauration. Actuellement, la coproculture n’est plus systématiquement prescrite lors de l’embauche. La prescription ou non de l’examen est soumise au jugement du médecin du travail. La coproculture est ainsi souvent préconisée en cas de retour de voyage.

Certaines diarrhées infectieuses (diarrhées à EHEC ou à Shigella, la fièvre typhoïde ou paratyphoïde) entraînent l’éviction scolaire des enfants atteints. Le retour en collectivité est possible sur présentation d’un certificat médical faisant état de 2 coprocultures négatives à au moins 24 heures d’intervalle et au moins 2 jours après l’arrêt du traitement.

Par ailleurs, lors d’une épidémie de diarrhée infectieuse, la coproculture peut être indiquée pour rechercher le portage de bactérie pathogène :

  • Dans l’entourage d’un patient ;
  • Parmi le personnel soignant.

La coproculture peut alors être pratiquée, même sur des selles solides.

La coproculture présente également un intérêt épidémiologique pour vérifier l’absence de bactéries multirésistantes aux antibiotiques, chez des patients hospitalisés à risque ou au sein du personnel soignant. Certaines bactéries particulières sont alors recherchées, telles que certaines entérobactéries ou des bactéries du genre Enterococcus.

Enfin, la coproculture peut permettre de quantifier la flore intestinale fécale, en particulier chez les patients immunodéprimés.

Estelle B. / Docteur en Pharmacie

– Examen microbiologique des selles. Microbiologiemedicale.fr. Consulté le 4 avril 2018.
– Coproculture et Parasitologie des selles. DPM Diagnostics. Consulté le 4 avril 2018.
– Réalisation d’un prélèvement de selles : coproculture/parasitologie. LBM LxBIO. Consulté le 4 avril 2018.